Macアプリを関連ファイルごと削除(アンインストール)できる「AppCleaner」が「OS X El Capitan」に正式対応しています。
Macアプリの削除に必須のフリーソフト
「AppCleaner」は、Macアプリを関連ファイルもまとめて削除できるアンインストールアプリですが、「OS X El Capitan」に正式対応したバージョン 3.0がリリースされています。
【関連】Macアプリを根こそぎアンインストール(削除)できるフリーソフト「AppCleaner」

ちなみに旧バージョンのユーザーインターフェイスはこんな感じでした。

今回リリースされた「AppCleaner」のバージョン3.0以降では、ユーザーインターフェイスが刷新されており、従来の使用方法と同じように削除したいアプリを「AppCleaner」のウィンドウ内にドラッグ&ドロップするだけでOK!

またウィンドウ右上にあるリストアイコンをクリックすると、現在MacにインストールしているMacアプリの一覧が表示され、そのリストから選んで削除することも可能です。

あとがき
Macアプリを削除する場合、そのままゴミ箱に入れてアンインストールすることもできますが、関連ファイルもまとめてキレイに削除したいときは「AppCleaner」を使うと便利です。
興味のある方は是非お試しください。